1991.gadā tika izveidots Latvijas Ministru Padomes Migrācijas lietu departaments, kas 1996.gadā tika pārdēvēts par Iekšlietu ministrijas Pilsonības un migrācijas lietu pārvaldi (PMLP).
1991.gada novembrī migrācijas dienests uzsāka darbu Jelgavā, Daugavpilī, Krāslavā, Tukumā, Liepājā, Ventspilī un Rīgā. 1992.gadā Migrācijas lietu departaments tika iekļauts Tieslietu ministrijas sastāvā.
Kopš 1992.gada kopumā ir noformētas 6 609 003 pases, savukārt kopš 2012.gada izsniegtas 785 706 eID kartes.
1992.gadā departaments pārgāja Valsts ministra pakļautībā.
Paralēli tika veikta migrācijas procesu kontrole. 1992.gadā stājās spēkā likums "Par ārvalstnieku un bezvalstnieku ieceļošanu un uzturēšanos Latvijas Republikā", 1993.gadā - Latvijas Ministru Padomes lēmums "Par ieceļošanas vīzu izsniegšanas kārtību un robežu šķērsojošo personu kontroli Latvijas Republikā".
Pieauga darbinieku skaits - 1993.gadā departamentā kopumā strādāja 679 darbinieki un departaments ar Ministru kabineta lēmumu tika nodots Iekšlietu ministrijas pakļautībā.
2003.gadā tika ieviesta arī vienkārša un demokrātiska dzīvesvietas deklarēšanas sistēma, kas nomainījusi jau novecojušo pieraksta sistēmu. 2010.gadā tiek likvidēta Naturalizācijas pārvalde, kuras funkcijas tiek nodotas Pilsonības un migrācijas lietu pārvaldei. Ar šo brīdi iedzīvotājiem visus ar Latvijas pilsonības iegūšanu un zaudēšanu saistītos jautājumus ir iespējams noskaidrot vienā iestādē - PMLP.
Pēdējos gados PMLP veikusi iestādes iekšējo reorganizāciju. Pašlaik pārvaldē strādā 646 darbinieki.