Marks Rotko (īstajā vārdā Markus Rotkovičs) piedzima Dvinskā, Krievijā (tagad Daugavpils, Latvija) 1903.gada 25.septembrī. Kad zēnam bija desmit gadi, 1913.gada viņa ģimene emigrēja uz Amerikas Savienotajam Valstīm, uz dzīvi apmetoties Portlendā, Oregonas štatā.
1921.gadā Rotko iesaistījās Jēlas universitātē, kur viņš apguva angļu un franču valodas, Eiropas vēsturi, matemātiku, fiziku, bioloģiju, ekonomiku un filosofiju. Viņa sākotnējais nodoms bija kļūt pat inženieri vai advokātu, taču pēc diviem gadiem Jēlā viņš pārceļas uz Ņujorku un mācījās gleznošanu Maksa Vēbera klasē Mākslas studentu līgā. Vēlāk viņš studēja patstāvīgi un var apgalvot, ka lielāko daļu viņš ir iemācījies pašmācības ceļā.