Līdzekļi Noguldījumu garantiju fondā tiek uzkrāti no noguldījumu piesaistītāju - kredītiestāžu un krājaizdevu sabiedrību - ikceturkšņa maksājumiem, kas ir Noguldījumu garantiju likumā noteikts procents no piesaistīto noguldījumu apjoma, kā arī no fonda līdzekļu pārvaldīšanā gūtajiem ienākumiem.

Jebkuram Latvijas banku un krājaizdevu sabiedrību klientam - gan fiziskām, gan juridiskām personām - tiek nodrošināta garantētās atlīdzības izmaksa par visu veidu noguldījumiem visās valūtās līdz 100 000 eiro katrā bankā vai krājaizdevu sabiedrībā. Garantētā atlīdzība attiecas gan uz noguldījumiem, gan uz norēķinu kontu atlikumiem, gan algas kontiem, krājkontiem u.c. Noteiktos gadījumos garantētās atlīdzības apmērs var pārsniegt 100 000 eiro, piemēram, ja personas atbildīgo noguldījumu veidoja līdzekļi no darījumiem ar personai piederošu dzīvošanai paredzētu nekustamo īpašumu, izmaksātajiem sociālajiem pabalstiem vai dažādu veidu kompensācijām.

Līdzekļi no Noguldījumu garantiju fonda tiek izmaksāti, ja noguldījumi kredītiestādē vai krājaizdevu sabiedrībā kļuvuši nepieejami, tas ir, gadījumā, kad noguldījumu garantiju sistēmas dalībnieks nespēj klientam izmaksāt tā noguldījumu un Finanšu un kapitāla tirgus komisija noguldījumu piesaistītājam anulējusi licenci, tiesa pasludinājusi to par maksātnespējīgu vai citā gadījumā, kad finanšu tirgus uzraugs konstatējis, ka noguldījumu piesaistītājs nespēj izmaksāt garantēto noguldījumu, un pieņēmis lēmumu par noguldījumu nepieejamības iestāšanos.