Viesojoties Latvijā, Muižnieks uzmanību bija koncentrējis uz bērnu, sieviešu un seksuālo minoritāšu tiesībām. Pēc Muižnieka stāstītā, vairākas cilvēktiesību problēmas Latvijas sabiedrība neapzinās, piemēram, cilvēki ar īpašām vajadzībām bieži tiek nošķirti sociālās aprūpes iestādēs, jo līdzcilvēki domā, ka šiem cilvēkiem tā ir labāk, jo tur viņus aprūpē, bet patiesībā viņu interesēs būtu dzīvot sabiedrībā.

Muižnieks mudināja Latviju uzlabot seksuālo minoritāšu partnerattiecību regulējumu, kas esot būtiski nepietiekams, jo pretējā gadījumā esot iespējami starptautiski tiesu darbi pret valsti.

EP cilvēktiesību komisārs nesen publiskoja rekomendācijas Latvijai, kurās uzsvērts, ka Latvija ir sasniegusi ievērojamu progresu cilvēktiesību standartu ieviešanā, taču atbildīgajām valsts amatpersonām joprojām jāpieliek lielas pūles, lai novērstu vairākus nozīmīgus trūkumus.

Muižnieks pēc septembra sākumā notikušās viesošanās Latvijā ziņojumā norādījis, ka Latvijai jānovērš trūkumi, kas saistīti ar dzimumu līdztiesību, kā arī sieviešu un bērnu cilvēktiesībām. Tāpat cilvēktiesību komisārs aicina turpināt aktīvu darbu pie lesbiešu, geju, biseksuāļu, transpersonu un interseksuāļu (LGBTI) cilvēktiesību ievērošanas.

Ziņojumā komisārs neslēpj bažas par dažādām problēmām, ar kurām saskaras Latvija, tostarp par to, ka sievietes joprojām saņem mazāku atalgojumu nekā vīrieši. Tāpat Muižniekam raizes rada salīdzinoši mazā sieviešu iesaiste politikā, īpaši parlamentā, kam ilgtermiņā būs negatīva ietekme, tostarp dažādu lēmumu pieņemšanā.

Cilvēktiesību komisāra ieskatā atbildīgajām Latvijas amatpersonām nepieciešams izstrādāt ilgtermiņa stratēģijas, lai izskaustu ģimenēs un pret sievietēm vērsto vardarbību. Muižnieks arī mudina ratificēt konvenciju, kas cīnās ar šīm problēmām, kā arī aicina Latviju palielināt palīdzības apjomu tiem cilvēkiem, kuri cietuši no vardarbības.

Savā ziņojumā un rekomendācijās Muižnieks pieminējis arī savas vizītes laikā Rīgā pausto, ka Latvijā joprojām bērniem ir iespēja dzimt un uzaugt par nepilsoni, līdz ar to valstij vajadzētu iejaukties un nepieļaut šādas nepilsonības turpināšanu. Viņa ieskatā pareizākais solis būtu automātiska pilsonības piešķiršana tiem jaundzimušajiem, kuri dzimuši nepilsoņu ģimenēs.

Vienlaikus Muižnieka ieskatā nepieciešama iekļaujošāka izglītības sistēmas izveide, kas nodrošinātu bērniem ar invaliditāti apmeklēt savām dzīvesvietām tuvākās skolas.

Attiecībā uz izglītību, komisārs mudina īstenot tādu politiku, kas bērniem nodrošinātu uz faktiem balstītu informāciju par seksualitāti un dzimumu dažādību. Šīs programmas būtu jārada atbilstoši bērnu vecumiem, stāstot viņiem par seksuālo un reproduktīvo veselību, kā arī tiesībām, lai tie spētu pārvarēt sabiedrībā radušos aizspriedumus. Tāpat šādas programmas ļautu veicināt dzimumu līdztiesību, kā arī cīnītos ar homofobijas un transfobijas stereotipiem.

Noslēgumā EP cilvēktiesību komisārs mudina Latviju pielikt lielākas pūles, lai atrisinātu sasāpējušās problēmas, kas saistītas ar LGBTI. Muižnieks norādījis, ka tiesību sistēma joprojām ir fragmentāra, pilnībā nenodrošinot LGBTI cilvēktiesības. Viņš arī aicina atbildīgās amatpersonas, ciešā sadarbībā ar EP, izstrādāt rīcības plānu, lai problēmas tiktu beidzot atrisinātas.

Tāpat Muižnieks savās rekomendācijās mudina uzlabot darbu, lai atbildīgie dienesti spētu labāk cīnīties pret naida runu un diskrimināciju, kas saistīta ar seksuālo orientāciju un dzimumu identitāti. Nepieciešams arī nodrošināt policijas, prokuroru un tiesnešu apmācības, kas ļautu nodrošināt efektīvu izmeklēšanu un sodīšanu par naida noziegumiem un naida runu.

Rekomendācijās minēta arī nepieciešamība juridiski atzīt dažādu dzimumu un viendzimuma pāru kopdzīvi, saskaņā ar Eiropas Cilvēktiesību tiesas praksi.