Latgales zoodārza kolektīvs jau daudzus gadus realizē projektus, kurus atzinīgi vērtē speciālisti starptautiskā mērogā. Ir projekti, kas vērsti uz retu sugu, piemēram, purva bruņurupuču saglabāšanu. Daugavpils zinātnieki izveidoja bruņurupuču fermu, kur purva bruņurupuči tika pavairoti, tādejādi panākot uz izmiršanas sliekšņa esošas sugas saglabāšanu. Fermā purva bruņurupuči dzīvo 15 gadus, bet pēc tam sāk patstāvīgu dzīvi ūdenskrātuvēs. Latgales reģionā ir atjaunoti dīķi, kur mitināties šiem dzīvniekiem. Tieši šī projekta summa ir 740 000 eiro. Pusi finansēja ES, ceturto daļu piešķīra Vides aizsardzības un reģionālās attīstības ministrija, pārējo daļu piešķīra Daugavpils Dome. Jāpiebilst, ka Daugavpilī saglabātā purva bruņurupuča fotogrāfija uzvarēja foto konkursā, kas tika rīkots par godu LIFE programmas 20. gadadienai.

Šobrīd zoodārza speciālisti sadarbībā ar Daugavpils Universitāti iesniedza jaunu projektu programmā LIFE. Projekta mērķis ir izveidot reģionā drošas pārejas dzīvniekiem, lai viņi bez briesmām šķērsotu trasi, kas savieno Daugavpili un Zarasus (Lietuva). Šis projekts glābs simtiem dzīvnieku, kuru migrācijas ceļā ir šis bīstamais šķērslis. Zoodārza speciālisti turpina darbu pie citiem projektiem, milzīgs darbs tiek ieguldīts bērnu izglītošanā par dzīvnieku pasauli, dabas aizsardzību, ekoloģiju.